Toen de Nazi’s het gebied tot getto hadden verklaard, moet het in een huis van angst, hoop en troost zijn veranderd. Hier is weinig over bekend. In mei 1945 was het overgrote deel der sjoelgangers afgevoerd en afgeslacht. Het gebouw was leeggeroofd, de ruiten kapot geslagen. Het proletarisch Joodse hart van Amsterdam bestond niet meer.
In 1954 is het gebouw door het toen in trauma verkerende Nederlands Israëlitisch Kerkgenootschap verkocht aan de Gemeente Amsterdam.
In 1992 is het gebouw gerestaureerd en veranderd in een opleidingsinstituut voor de bouw. De oorspronkelijke trappen naar de vrouwengalerij zijn toen verdwenen. In een deel van de grote zaal bevond zich opeens een zwevende kantoorruimte. Een echte synagoge is het sindsdien niet meer.

De Stichting Uilenburgersjoel wil het gebouw zijn Joodse sfeer weer teruggeven.