Op Uilenburg, aan de oostkant van het Amsterdamse stadscentrum, staat de Uilenburgersjoel. Deze synagoge stamt uit 1766: het is één van de oudste en meest tastbare herinneringen aan het joodse proletariaat en de oude jodenbuurt van Amsterdam. Vanaf het eind van de zeventiende eeuw vestigden arme joden uit Oost-Europa zich hier op de nieuw aangelegde eilanden van de stadsuitbreiding, waaronder Uilenburg.
Al op 2 september 1724 werd op de plaats van de huidige synagoge een huissynagoge ingewijd. Deze werd al snel te klein. In 1765 werd besloten een nieuwe synagoge te bouwen die op 29 augustus 1766 in gebruik werd genomen. De bovenzaal was bestemd voor godsdienstbeoefening. De begane grond was verdeeld over twee zalen, die aanvankelijk dienst deden als bruiloftslokalen. De kelders fungeerden als keuken en als een rituele slachtplaats voor gevogelte. Vanaf 1766 tot 1943 deed het gebouw dienst als synagoge. Na de oorlog stond het gebouw leeg. Het raakte in verval en werd aan de gemeente Amsterdam verkocht.
Oorspronkelijk was het gebouw slechts bereikbaar via de Koning Davidgang, de voormalige Brandewijngang. In 1906 ontstond na de sloop van enkele huizen een voorplein en stond de synagoge niet meer op het Kokshofje aan de Uilenburgerstraat, of zoals in andere documenten staat, aan de Agterstraat op Uijlenburg. Door de aanpassing van het stratenplan op Uilenburg, staat het gebouw nu achter een hoge muur met een hek, waardoor het vanaf de straat minder goed zichtbaar is.
Het in 1593 aangelegde eiland is door vier bruggen met de buitenwereld verbonden; twee over de Montelbaens Burchwal, de huidige Oude Schans. Het eiland werd steeds dichter bebouwd en de bevolking nam toe. Hele families en grote gezinnen woonden dicht opeen in gehorige, benauwde, onhygiënische en veel te kleine ruimtes. Men leefde en werkte voor een deel op straat. Vanwege de erbarmelijke woonsituatie werd Uilenburg aan het begin van de twintigste eeuw gesaneerd. Vrijwel alle uit de zeventiende eeuw daterende bebouwing werd gesloopt. Alleen de oostkant bleef intact met aan het water typisch Amsterdamse bedrijvigheid, zoals scheepswerk, pakhuizen en twee diamantslijperijen. Met als parel de uit 1766 daterende synagoge.
In 1954 kocht de gemeente Amsterdam het gebouw voor 75.000 gulden. Na een provisorische opknapbeurt was het langdurig in gebruik als opslag van historisch waardevolle bouwmaterialen en was het restauratie-atelier van Hans ’t Mannetje erin gevestigd.
Vanaf 1988 verhuurde de gemeente de synagoge aan het Nationaal Restauratie Centrum. In 1996 kwam de restauratie van het gebouw gereed waardoor het geschikt werd voor het geven van cursussen voor onderhoud van oude gebouwen. Inmiddels is het gebouw door de gemeente Amsterdam overgedragen aan de Stichting Uilenburgersjoel. Zij wil het joodse karakter van het gebouw behouden en verder in ere herstellen.